Alinhamento manual
Caso o Geneious esteja operando sem restrições, o alinhamento manual poderá ser executado no próprio software.
Caso tenha utilizado o Geneious com restrição de uso, ele não poderá realizar o alinhamento manual. Portanto, abra o arquivo alinhamento.fasta e realize o alinhamento manual no programa BioEdit.
Essa é a etapa em que as homologias moleculares serão codificadas. Cada locus representará um caráter na matriz. Nenhum alinhamento múltiplo automático garante um alinhamento perfeito, principalmente devido às lacunas (gaps) produzidas pelos indels durante o alinhamento. Por isso, vamos realizar o alinhamento manual utilizando o BioEdit a partir do arquivo gerado pelo alinhamento automático.