Filoinformática

Conceito

  • Falta uma definição amplamente aceita, mas qualquer conceito deve considerar as funções da informática de: coleta, classificação, tratamento, processamento, armazenamento, recuperação e integração, bem como a de apresentação e representação de dados.

Campo que abrange todas as etapas, tarefas e usos de ferramentas computacionais envolvidas na produção do conhecimento filogenético, desde a obtenção ao tratamento, às análises e metanálises, armazenamento, recuperação, integração e representação de dados.

Fontes de dados

  • Grande parte do desafio está no gerenciamento e interoperabilidade de bases de dados.

  • Dados relacionado a estudos filogenéticos incluem:

    1. nomenclatura;
    2. taxonomias;
    3. espécimes(vouchers);
    4. distribuição espacial (geográfica);
    5. dados abióticos;
    6. matrizes de estados de caracteres;
    7. descrições dos estados de caracteres;
    8. sequências de ácidos nucleicos;
    9. alinhamentos de sequências;
    10. árvores filogenéticas e metadados;
    11. genômica e proteômica;
    12. dados da biodiversidade;
    13. autores e referências bibliográficas.

Perspectivas

  • O poder preditivo da filoinformática instiga os biólogos à persuasiva busca pela descoberta de todos os ramos da Árvore da Vida, o mais rapidamente possível. A geração de uma base de dados única que interconecte informação filogenética às outras bases de dados sobre biodiversidade é a mais importante contribuição da Sistemática para a humanidade (Cracraft 2002).

  • Filoepidemiologia / Filodinâmica

Forster, P., 2020. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes

  • O conhecimento filogenético é cada vez mais usado como uma ponte entre a genômica funcional, a evolução e o desenvolvimento — desvendar como o genótipo se torna fenótipo exige que conheçamos a filogenia quase tão bem quanto conhecemos a genômica (Piel, Sanderson, e Donoghue 2003).

  • Muitas das implicações do desenvolvimento dessa tecnologia ainda não foram sequer pensadas.

Cracraft, J. 2002. «The Seven Great Questions of Systematic Biology: An Essential Foundation for Conservation and the Sustainable Use of Biodiversity». Annals of the Missouri Botanical Garden 89: 127–44. https://www.biodiversitylibrary.org/part/16378.
Piel, W. H., M. J. Sanderson, e M. J. Donoghue. 2003. «The small-world dynamics of tree networks and data mining in phyloinformatics». Bioinformatics 19 (9): 1162–68. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg131.