Prêambulo
1
Contextualizando
1.1
Histórico e fundamentos
1.2
Bioinformática > Filoinformática
1.3
Passado
1.4
Presente
1.5
Futuro
1.5.1
Interoperabilidade
1.5.2
Evolução da Web
1.5.3
O futuro integrativo da Sistemática
1.5.3.1
Padrão DarwinCore
1.5.4
W3C
1.5.5
Web
Semântica (Web 3.0)
1.5.6
Sistemas de Organização do Conhecimento
1.5.7
Ontologias
1.5.7.1
Fundamentos epistemológicos
1.5.7.2
Web Ontology Language
1.5.7.3
Resource Description Framework
1.5.7.4
Extensible Markup Language
1.5.7.5
OBO Foundry
1.5.7.6
Gene Ontology
1.5.7.7
Plant Ontology
1.5.7.8
Planteome
2
Filoinformática
2.1
Conceito
2.2
Fontes de dados
2.3
Perspectivas
3
Visão geral e roteiro do curso
4
Técnicas moleculares
4.1
Extração do DNA
4.2
Amplificação
4.3
Eletroforese
4.4
Sequenciamento
4.4.1
História do sequenciamento didesoxi Sanger
5
Montagem de sequências
5.1
Cromatogramas
5.1.1
Conceito
5.1.2
Finalidade
5.1.3
Qualidade do sinal
5.1.4
Arquivo .ab1
5.1.5
Software FitchTV
5.1.6
Manual do sequenciamento Sanger
5.1.7
Interpretação do cromatograma
5.1.8
Prática
5.2
Alinhamento de
contigs
5.2.1
Assembly softwares
5.2.2
Prática
6
Formatos de arquivo mais comuns
6.1
PHYLIP
6.2
FASTA
6.3
NEXUS
7
GeneBank
Blast
8
Baixando sequências do GeneBank
9
Preparação dos arquivos das sequências
9.1
Expressões regulares
9.1.1
Prática
10
Alinhamento múltiplo e manual de sequências
10.1
Prática
10.1.1
Alinhamento múltiplo (automático)
10.1.2
Alinhamento manual
11
Codificando indels
11.1
SIC
11.2
MCIC
11.3
Prática
12
Concatenando matrizes
12.1
Prática: RegEx 2
13
Modelos de evolução de sequências
13.1
As 6 substituições
13.2
Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969
13.3
Modelo Kimura (K80) 1980
13.4
Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985
13.5
Modelo General Time Reversible (GTR) 1986
14
Softwares para análises filogenéticas
14.1
MS-DOS
14.2
IQ-TREE
14.2.1
Prática
14.3
SplitsTree6
14.3.1
Prática
14.4
MrBayes
14.4.1
Prática 1
14.4.2
Prática 2: Modelo de substituição
14.4.3
Prática 3: Gerando o output
14.5
Softwares para seleção de modelos evolutivos
14.6
raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2
14.6.1
PartitionFinder
15
Edição final de árvore
15.1
Prática
16
Árvores filogenéticas das plantas
17
Introdução ao R
17.1
Programação orientada a objetos
17.2
Principais estruturas de dados
17.3
Principais tipos de dados
17.4
Classe x propriedade x atributo
17.4.1
Sistema de referência
17.5
Linguagem R
17.6
Console
17.7
Criando objetos
17.8
Funções
17.8.1
Sintaxe da função
17.8.2
Funções básicas
17.9
Pacotes
17.10
Prática
17.10.1
Indexação de objetos
17.10.2
Operadores de lógica
17.10.3
Inspecionando os atributos um objeto
17.10.4
Teste e Coerção de objetos
17.11
RStudio
17.12
Ambiente de Trabalho
17.13
Diretório de Trabalho
18
Filogenia no R
18.1
Pacotes de filogenia
18.2
Escrevendo árvores a partir de uma cadeia de texto
18.3
Importando árvores nos formatos S3 e S4
18.3.1
Classe phylo (S3)
18.3.2
Classe phylo4 e phylo4d (S4)
18.3.3
Importando do IQTree
18.3.4
Importando do MrBayes
18.4
Extraindo clados
18.5
Personalizando o estilo da árvore
18.5.1
Pacote ape
18.5.1.1
Ramos
18.5.1.2
Terminais
18.5.1.3
Nós
18.5.2
Pacote phylocanvas
18.5.3
Pacote phytools
18.5.3.1
Ramos
18.5.3.2
Terminais
18.5.4
Pacote ggtree
18.5.4.1
Ramos
18.5.4.2
Terminais
18.5.4.3
Nós
18.6
Anotando dados na árvore usando R
18.6.1
Pacote ape
18.6.1.1
Ramos
18.6.1.2
Terminais
18.6.1.3
Nós
18.6.2
Pacote phytools
18.6.2.1
Nós
18.7
Plotando matrizes, data.frames e árvore ao lado da árvore usando R
18.7.1
Pacote ape
18.7.1.1
Matriz e data.frame
18.7.1.2
Anéis em árvores circulares
18.7.1.3
Tanglegram
18.7.2
Pacote phytools
18.7.2.1
Círculos
18.7.2.2
Barras
18.7.2.3
Matrizes
18.7.2.4
Boxplots
18.7.2.5
Tanglegram
18.7.2.6
Phylo.to.map
18.7.2.7
Escala estratigráfica
19
RMarkdown
Referências
Turmas
Introdução à Filoinformática (
in development
)
8
Baixando sequências do GeneBank
Buscar e baixar sequências
National Center for Biotechnology Information