6 Formatos de arquivo mais comuns

  • Os mais conhecidos arquivos para armazenar dados filogenéticos (filodados) são:

    • Fasta (.fst .fasta)
    • Phyllip (.phy)
    • Nexus (.nex)

  • Esses arquivos são os “input files” para os processamentos das análises filogenéticas.

  • Eles devem ser editados num editor de texto plano (plain text editor), sem formatações e estilos.

6.1 PHYLIP

3 62
Mimosa_afranioi ----------------------------------------CATTCAAACCTTTTTTA-----
Mimosa_campicola --------------------------------------TTCATTCAAACCTTTTTTA----
Mimosa_candollei CCAGGAAAAAAGTGTACAGCATGCATATTCTTA-CGATTTCATTCAAACCTTTTCTA----

6.2 FASTA

  • Lançado em 1985 por David Lipman e William R. Pearson.

  • Formato mais simples para sequências nucleotídicas ou proteicas.

  • O nome do terminal ou a etiqueta (label) é precedida pelo caractere do sinal de maior >.

  • Admite o caractere vazio (gap): -.

  • Extensões usadas: .fas, .fasta.

>Mimosa_afranioi
----------------------------------------CATTCAAACCTTTTTTA---
--TTTCGATTTTAGATTAGAATTGTCTTGTTCTAACTGGCGGAGGCGGGACTAATATGTT
GATATTTAT----------ATTTATATAGATATAGATTTATA-------------TGGAT
>Mimosa_campicola
--------------------------------------TTCATTCAAACCTTTTTTA---
--TTTAGATT--AGAATAGAATTGTCTTGTTCTAACTGGCGGAGGCGGGACTAATATGTT
GATATTTATATAGATATAGATTTATATAGATATAGATTTATA-------------TGGAT
>Mimosa_candollei
CCAGGAAAAAAGTGTACAGCATGCATATTCTTA-CGATTTCATTCAAACCTTTTCTA---
--TTTCGATTTTAGATTCGAATTGTCTTGTTCTAACTGGCGGAGGCGGGACTAATATGTT
GATATTTAT----------ATTTAT------ATAGATTTATA-------------TGTAT

6.3 NEXUS

  • Lançado em 1987 por Wayne & David Maddison e David L. Swofford ^(criador do PAUP)^.

Maddison, Swofford, and Maddison (1997)

#NEXUS
BEGIN TAXA;
    TITLE Taxa;
    DIMENSIONS NTAX=3;
    TAXLABELS
        afranioi campicola candollei;
END;
BEGIN CHARACTERS;
    TITLE  Character_Matrix;
    DIMENSIONS  NCHAR=62;
    FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
    MATRIX
Mimosa_afranioi ---------------------------------------CATTCAAACCTTTTTTA-----
Mimosa_campicola    --------------------------------------TTCATTCAAACCTTTTTTA----
Mimosa_candollei    CCAGGAAAAAAGTGTACAGCATGCATATTCTTA-CGATTTCATTCAAACCTTTTCTA----
;
END;

Maddison, W.P. & Maddison, D.R., 1992. MacClade: Analysis of Phylogeny and Character Evolution. Version 3

Maddison, W.P. & Maddison, D.R., 2002. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 0.991. http://mesquiteproject.org