• Prêambulo
  • 1 Contextualizando
    • 1.1 Histórico e fundamentos
    • 1.2 Bioinformática > Filoinformática
    • 1.3 Passado
    • 1.4 Presente
    • 1.5 Futuro
      • 1.5.1 Interoperabilidade
      • 1.5.2 Evolução da Web
      • 1.5.3 O futuro integrativo da Sistemática
        • 1.5.3.1 Padrão DarwinCore
      • 1.5.4 W3C
      • 1.5.5 Web Semântica (Web 3.0)
      • 1.5.6 Sistemas de Organização do Conhecimento
      • 1.5.7 Ontologias
        • 1.5.7.1 Fundamentos epistemológicos
        • 1.5.7.2 Web Ontology Language
        • 1.5.7.3 Resource Description Framework
        • 1.5.7.4 Extensible Markup Language
        • 1.5.7.5 OBO Foundry
        • 1.5.7.6 Gene Ontology
        • 1.5.7.7 Plant Ontology
        • 1.5.7.8 Planteome
  • 2 Filoinformática
    • 2.1 Conceito
    • 2.2 Fontes de dados
    • 2.3 Perspectivas
  • 3 Visão geral e roteiro do curso
  • 4 Técnicas moleculares
    • 4.1 Extração do DNA
    • 4.2 Amplificação
    • 4.3 Eletroforese
    • 4.4 Sequenciamento
      • 4.4.1 História do sequenciamento didesoxi Sanger
  • 5 Montagem de sequências
    • 5.1 Cromatogramas
      • 5.1.1 Conceito
      • 5.1.2 Finalidade
      • 5.1.3 Qualidade do sinal
      • 5.1.4 Arquivo .ab1
      • 5.1.5 Software FitchTV
      • 5.1.6 Manual do sequenciamento Sanger
      • 5.1.7 Interpretação do cromatograma
      • 5.1.8 Prática
    • 5.2 Alinhamento de contigs
      • 5.2.1 Assembly softwares
      • 5.2.2 Prática
  • 6 Formatos de arquivo mais comuns
    • 6.1 PHYLIP
    • 6.2 FASTA
    • 6.3 NEXUS
  • 7 GeneBank Blast
  • 8 Baixando sequências do GeneBank
  • 9 Preparação dos arquivos das sequências
    • 9.1 Expressões regulares
      • 9.1.1 Prática
  • 10 Alinhamento múltiplo e manual de sequências
    • 10.1 Prática
      • 10.1.1 Alinhamento múltiplo (automático)
      • 10.1.2 Alinhamento manual
  • 11 Codificando indels
    • 11.1 SIC
    • 11.2 MCIC
    • 11.3 Prática
  • 12 Concatenando matrizes
    • 12.1 Prática: RegEx 2
  • 13 Modelos de evolução de sequências
    • 13.1 As 6 substituições
    • 13.2 Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969
    • 13.3 Modelo Kimura (K80) 1980
    • 13.4 Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985
    • 13.5 Modelo General Time Reversible (GTR) 1986
  • 14 Softwares para análises filogenéticas
    • 14.1 MS-DOS
    • 14.2 IQ-TREE
      • 14.2.1 Prática
    • 14.3 SplitsTree6
      • 14.3.1 Prática
    • 14.4 MrBayes
      • 14.4.1 Prática 1
      • 14.4.2 Prática 2: Modelo de substituição
      • 14.4.3 Prática 3: Gerando o output
    • 14.5 Softwares para seleção de modelos evolutivos
    • 14.6 raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2
      • 14.6.1 PartitionFinder
  • 15 Edição final de árvore
    • 15.1 Prática
  • 16 Árvores filogenéticas das plantas
  • 17 Introdução ao R
    • 17.1 Programação orientada a objetos
    • 17.2 Principais estruturas de dados
    • 17.3 Principais tipos de dados
    • 17.4 Classe x propriedade x atributo
      • 17.4.1 Sistema de referência
    • 17.5 Linguagem R
    • 17.6 Console
    • 17.7 Criando objetos
    • 17.8 Funções
      • 17.8.1 Sintaxe da função
      • 17.8.2 Funções básicas
    • 17.9 Pacotes
    • 17.10 Prática
      • 17.10.1 Indexação de objetos
      • 17.10.2 Operadores de lógica
      • 17.10.3 Inspecionando os atributos um objeto
      • 17.10.4 Teste e Coerção de objetos
    • 17.11 RStudio
    • 17.12 Ambiente de Trabalho
    • 17.13 Diretório de Trabalho
  • 18 Filogenia no R
    • 18.1 Pacotes de filogenia
    • 18.2 Escrevendo árvores a partir de uma cadeia de texto
    • 18.3 Importando árvores nos formatos S3 e S4
      • 18.3.1 Classe phylo (S3)
      • 18.3.2 Classe phylo4 e phylo4d (S4)
      • 18.3.3 Importando do IQTree
      • 18.3.4 Importando do MrBayes
    • 18.4 Extraindo clados
    • 18.5 Personalizando o estilo da árvore
      • 18.5.1 Pacote ape
        • 18.5.1.1 Ramos
        • 18.5.1.2 Terminais
        • 18.5.1.3 Nós
      • 18.5.2 Pacote phylocanvas
      • 18.5.3 Pacote phytools
        • 18.5.3.1 Ramos
        • 18.5.3.2 Terminais
      • 18.5.4 Pacote ggtree
        • 18.5.4.1 Ramos
        • 18.5.4.2 Terminais
        • 18.5.4.3 Nós
    • 18.6 Anotando dados na árvore usando R
      • 18.6.1 Pacote ape
        • 18.6.1.1 Ramos
        • 18.6.1.2 Terminais
        • 18.6.1.3 Nós
      • 18.6.2 Pacote phytools
        • 18.6.2.1 Nós
    • 18.7 Plotando matrizes, data.frames e árvore ao lado da árvore usando R
      • 18.7.1 Pacote ape
        • 18.7.1.1 Matriz e data.frame
        • 18.7.1.2 Anéis em árvores circulares
        • 18.7.1.3 Tanglegram
      • 18.7.2 Pacote phytools
        • 18.7.2.1 Círculos
        • 18.7.2.2 Barras
        • 18.7.2.3 Matrizes
        • 18.7.2.4 Boxplots
        • 18.7.2.5 Tanglegram
        • 18.7.2.6 Phylo.to.map
        • 18.7.2.7 Escala estratigráfica
  • 19 RMarkdown
  • Referências
  • Turmas

Introdução à Filoinformática (in development)

16 Árvores filogenéticas das plantas

https://github.com/camwebb/tree-of-trees

Árvore de Gastauer and Neto (2017): R20160415.new

Li, Luo, Gan, Ma, Gao, Yang, Cai, Gitzendanner, Fritsch, Zhang, Jin, Zeng, Wang, Yu, Zhang, van der Bank, Olmstead, Hollingsworth, Chase, Soltis, Soltis, Yi, and Li (2021)

353 Protein Coding Genes Johnson, Pokorny, Dodsworth, Botigué, Cowan, Devault, Eiserhardt, Epitawalage, Forest, Kim, Leebens-Mack, Leitch, Maurin, Soltis, Soltis, Wong, Baker, and Wickett (2018)

Plant and Fungal Trees of Life (PAFTOL) project: https://www.kew.org/science/our-science/projects/plant-and-fungal-trees-of-life