13 Modelos de evolução de sequências

13.1 As 6 substituições

• Substituições do tipo transição são mais frequentes que transversões.
  • Transição:
    • Entre purinas: adenina (A) e guanina (G);
    • Entre pirimidinas: citosina (C) e timina (T).
  • Transversões:
    • Entre purinas e pirimidinas.
• Ademais, as mutações silenciosas são mais frequentes do que:
  • Mutações de sentido errado (missense) ou não sinônimas;
    • Resulta na substituição de um aminoácido por outro.
  • Mutações sem sentido (nonsense).
    • Ocorre um substituição de um par de nucleotídeos dentro de uma região codificante de proteína que muda um códon para um aminoácido em um códon de término.

13.2 Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969

• Assume que as bases ocorrem com igual frequência e a taxa de substituição de uma base para qualquer outra é a mesma.

13.3 Modelo Kimura (K80) 1980

• Referido como “modelo de dois parâmetros de Kimura”

• Assume frequências distintas para transições e transversões

13.4 Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985

• Distingue entre a taxa de transições e transversões (usando o parâmetro κ), e permite frequências de base desiguais.

13.5 Modelo General Time Reversible (GTR) 1986

• Modelo de substituição mais utilizado.

• Modelo mais neutro, independente, de sítios finitos e reversível no tempo

• Todos seis tipos de substituição têm taxas diferentes