16 Exercícios

library(ape)

plants.tree <- "((((((((((((((Eudicots), Monocots), Magnoliids), Chloranthales), Autrobaileyales), Nymphaeales), Amborellales),((((Gnetales, Conifers), Gingkoales), Cycadales))),(((Sphenophytes, Marattiales), Filicales),(Ophioglossaceae, Psilophytes))),(Selaginellales, Lycopodiales)),(Bryophyta)),(Anthocerophyta)),(Marchantiophyta)));"

plants.tree <- read.tree(text = plants.tree)

plot(plants.tree)

• Os nomes dos terminais (tip labels) são numerados em ordem consecutiva começando do 1:

plot(plants.tree)
tiplabels()

• Os nós (nodes) são numerados em ordem consecutiva começando do número consecutivo ao número de terminais:

length(plants.tree$tip.label) + 1

## [1] 22

• Vejam os rótulos (labels) dos nós:

plot(plants.tree)
nodelabels()

• Vamos extrair os clados com base no número (rótulo) do nó:

tree1 <- extract.clade(phy = plants.tree, node = 29)
plot(tree1)

# Tente a seleção do nó interativamente
# tree2 <- extract.clade(plants.tree, interactive = T)
# plot(tree2)

Clado das Fixadoras de Nitrogênio (clado CFN) FABA-ROSA-CUCU-FAGA

library(ape)

apg.tree <- read.tree("./files/trees/apg.tree")

nome <- "nitrogenfixing"
  
busca_clado <- grep(nome, apg.tree$node.label)

apg.tree$node.label[busca_clado]

## [1] "nitrogenfixing_to_COM" "nitrogenfixing"

if(length(busca_clado) > 1){
  
  node <- max(busca_clado + length(apg.tree$tip.label))
  
} else {
  
  node <- busca_clado + length(apg.tree$tip.label)
  
}

tree <- extract.clade(phy = apg.tree, node = node)

plot(tree)

nodelabels(tree$node.label, frame = "none", cex = 0.7)

Ordem Fabales

nome <- "fabales"
  
busca_clado <- grep(nome, apg.tree$node.label)

apg.tree$node.label[busca_clado]

## [1] "fabales"

if(length(busca_clado) > 1){
  
  node <- max(busca_clado + length(apg.tree$tip.label))
  
} else {
  
  node <- busca_clado + length(apg.tree$tip.label)
  
}

tree <- extract.clade(phy = apg.tree, node = node)

plot(tree)
nodelabels(tree$node.label, frame = "none", cex = 0.7)