Prêambulo
1
Contextualizando
1.1
Histórico e fundamentos
1.2
Bioinformática > Filoinformática
1.3
Passado
1.4
Presente
1.5
Futuro
1.5.1
Interoperabilidade
1.5.2
Evolução da Web
1.5.3
O futuro integrativo da Sistemática
1.5.3.1
Padrão DarwinCore
1.5.4
W3C
1.5.5
Web
Semântica (Web 3.0)
1.5.6
Sistemas de Organização do Conhecimento
1.5.7
Ontologias
1.5.7.1
Fundamentos epistemológicos
1.5.7.2
Web Ontology Language
1.5.7.3
Resource Description Framework
1.5.7.4
Extensible Markup Language
1.5.7.5
OBO Foundry
1.5.7.6
Gene Ontology
1.5.7.7
Plant Ontology
1.5.7.8
Planteome
2
Filoinformática
2.1
Conceito
2.2
Fontes de dados
2.3
Perspectivas
3
Visão geral e roteiro do curso
4
Técnicas moleculares
4.1
Extração do DNA
4.2
Amplificação
4.3
Eletroforese
4.4
Sequenciamento
4.4.1
História do sequenciamento didesoxi Sanger
5
Montagem de sequências
5.1
Cromatogramas
5.1.1
Conceito
5.1.2
Finalidade
5.1.3
Qualidade do sinal
5.1.4
Arquivo .ab1
5.1.5
Software FitchTV
5.1.6
Manual do sequenciamento Sanger
5.1.7
Interpretação do cromatograma
5.1.8
Prática
5.2
Alinhamento de
contigs
5.2.1
Assembly softwares
5.2.2
Prática
6
Formatos de arquivo mais comuns
6.1
PHYLIP
6.2
FASTA
6.3
NEXUS
7
Alinhamento múltiplo e manual de sequências
7.1
Prática
7.1.1
Alinhamento múltiplo (automático)
7.1.2
Alinhamento manual
8
Codificando indels
8.1
SIC
8.2
MCIC
8.3
Prática
9
Concatenando matrizes
9.1
Prática
10
Seleção de modelos das partições
11
Softwares para análises filogenéticas
11.1
MS-DOS
11.2
IQ-TREE
11.2.1
Prática
11.3
SplitsTree6
11.3.1
Prática
11.4
MrBayes
11.4.1
Prática 1
11.4.2
Modelo de evolução de sequências
11.4.2.1
As 6 substituições
11.4.2.2
Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969
11.4.2.3
Modelo Kimura (K80) 1980
11.4.2.4
Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985
11.4.2.5
Modelo General Time Reversible (HKY) 1986
11.4.2.6
Prática 2: Modelo de substituição
11.4.2.7
Prática 3: Gerando o output
11.5
raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2
12
Edição final de árvore
12.1
Prática
13
Árvores filogenéticas das plantas
14
Introdução ao R
14.1
Programação orientada a objetos
14.2
Principais tipos de Objetos:
14.3
Classe
14.3.1
Sistema de referência
14.4
Linguagem R
14.5
Console
14.6
Criando objetos
14.7
Funções
14.7.1
Sintaxe da função
14.7.2
Funções básicas
14.8
Pacotes
14.9
Prática
14.9.1
Indexação de objetos
14.9.2
Operadores de lógica
14.9.3
Inspecionando os atributos um objeto
14.9.4
Teste e Coerção de objetos
14.10
RStudio
14.11
Ambiente de Trabalho
14.12
Diretório de Trabalho
15
Filogenia no R
15.1
Pacotes de filogenia
15.2
Escrevendo árvores a partir de uma cadeia de texto
15.3
Importando árvores nos formatos S3 e S4
15.3.1
Classe phylo (S3)
15.3.2
Classe phylo4 e phylo4d (S4)
15.3.3
Importando do IQTree
15.3.4
Importando do MrBayes
15.4
Personalizando o estilo da árvore
15.4.1
Pacote ape
15.4.1.1
Ramos
15.4.1.2
Terminais
15.4.1.3
Nós
15.4.2
Pacote phylocanvas
15.4.3
Pacote phytools
15.4.3.1
Ramos
15.4.3.2
Terminais
15.4.4
Pacote ggtree
15.4.4.1
Ramos
15.4.4.2
Terminais
15.4.4.3
Nós
15.5
Anotando dados na árvore usando R
15.5.1
Pacote ape
15.5.1.1
Ramos
15.5.1.2
Terminais
15.5.1.3
Nós
15.5.2
Pacote phytools
15.5.2.1
Nós
15.6
Plotando matrizes, data.frames e árvore ao lado da árvore usando R
15.6.1
Pacote ape
15.6.1.1
Matriz e data.frame
15.6.1.2
Anéis em árvores circulares
15.6.1.3
Tanglegram
15.6.2
Pacote phytools
15.6.2.1
Círculos
15.6.2.2
Barras
15.6.2.3
Matrizes
15.6.2.4
Boxplots
15.6.2.5
Tanglegram
15.6.2.6
Phylo.to.map
15.6.2.7
Escala estratigráfica
15.6.3
Estimação do estado ancestral usando R
15.6.3.1
Pacote phytools
16
Exercícios
17
GeneBank (NCBI)
17.1
Blast
Referências
Turmas
Introdução à Filoinformática (
in development
)
10
Seleção de modelos das partições
PartitionFinder
Os principais resultados são gravados no arquivo
best_scheme.txt
.
Os principais resultados são gravados no arquivo